企业取得相应的税收优惠资格，并非万事大吉，一旦发生环境违法行为，其相应资格或资质将被取消。这些企业不仅需要缴纳环境保护税，并补缴已经减免的企业所得税税款，还将面临商誉受损等严重的负面影响。
无法享受高新技术企业优惠税率
自2016年以来，《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号，以下简称《管理办法》）将是否存在环境违法行为，作为高新技术企业认定的条件之一。
《管理办法》中明确规定，企业要认定为高新技术企业，申请认定前一年内，须未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
因此，企业有环境违法行为的，将不能被认定为高新技术企业。
无法享受软件和集成电路企业税收优惠
2011年，国务院发布了《关于印发进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》（国发〔2011〕4号），对软件和集成电路产业给予一系列政策扶持。
2012年，《财政部 国家税务总局关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》（财税〔2012〕27号，以下简称27号文件）对软件和集成电路产业税收优惠政策予以明确，并规定：软件和集成电路企业有环境等违法、违规行为，受到有关部门处罚的，将取消其享受税收优惠的资格，并补缴已减免的企业所得税税款。
2016年，财政部、国家税务总局、发展改革委、工业和信息化部发布的《关于软件和集成电路产业企业所得税优惠政策有关问题的通知》（财税〔2016〕49号，以下简称49号文件）对27号文件的相关规定做了修改，把是否存在环境违法行为列为能否享受税收优惠政策的必要条件之一。
无法享受科技型中小企业税收优惠
科技部、财政部和国家税务总局联合印发的《科技型中小企业评价办法》（国科发政〔2017〕115号），对科技型中小企业的评价指标做了明确。
其中规定，企业在填报上一年及当年内，须未发生重大安全、重大质量事故和严重环境违法、科研严重失信行为，且企业未列入经营异常名录和严重违法失信企业名单。
据此，企业如果发生了环境违法行为，将不能被认定为科技型中小企业。
因此，建议企业重视享受税收优惠前、后两端的环保管理，避免出现环境违法行为。
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